在我国，能够引起大豆根腐症状的病菌有四种，分别属于镰刀菌、丝核菌、腐霉和疫霉，其中镰刀菌和丝核菌是真菌，腐霉和疫霉是卵菌。由于真菌和卵菌在菌体结构和生理上存在明显的差异，要用不同药剂防治，因此要尽量把它们区分开。

首先从发生地看，镰刀菌、丝核菌引起的根腐病发生很普遍。东北地区、山东省、江苏省、安徽省都有发生。腐霉主要发生在东北及黄淮海豆区。疫霉根腐仅发生在黑龙江省部分地区。另外，土壤潮湿或有积水的地块容易发病，尤其是腐霉和疫霉引起的根腐病。

从发生时间上看，腐霉根腐主要发生在出苗期和苗期，造成萎蔫、猝倒和死苗。镰刀菌、丝核菌和疫霉菌也主要为害豆苗，但遇到适宜的条件也可以发生在大豆分枝期或更晚些。

从为害症状上看，腐霉和疫霉所致病斑初期水渍状，侵染后迅速发生腐烂。镰刀菌引起幼苗的根及茎基部褐色或红褐色病斑。有的仅造成部分根系坏死，延缓植株生长并提早落叶。丝核菌引起的苗立枯和茎、荚病斑表面都缠绕白色菌丝，后期生出褐色米粒大小的菌核。

四种病菌都能常年在土壤中生长，一般只侵染衰弱的大豆。防治首先通过轮作和增加土壤有益微生物来减少病菌。对于寄生范围狭窄的疫霉菌，轮作的防病效果尤其显著。其次避免田间积水。通过适当浅播和适时播种等措施促进大豆生长。第三是种植抗病品种。最后是药剂防治。

针对镰刀菌引起的根腐病可用2.5%咯菌清（适乐时）悬浮种衣剂、3%恶醚唑（敌萎丹）悬浮种衣剂拌种，每百公斤种子用药200~400毫升。发病初期喷洒或浇灌20%二氯异氰尿酸钠（莱菌清）可溶性粉剂400倍液，2.5%适乐时悬浮剂1000倍液。

针对丝核菌可喷洒30%苯噻氰（倍生）1200倍液、30%爱苗（本醚甲·丙环）乳油3000倍液或浇灌植株根部。

防治疫霉和腐霉引起的根腐病可选用种子重量的0.3%~35%甲霜灵粉剂或甲霜灵的复配剂拌种。发病初期可喷洒或浇灌40%三乙磷酸铝可湿性粉剂200倍液或70%乙磷·锰锌500倍液、68%金雷（甲霜灵）水分散剂600倍液、72%锰锌·霜脲（克露）可湿性粉剂700倍液、69%安克锰锌（烯酰吗啉·锰锌）可湿性粉剂900倍液。58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液、18%甲霜胺·锰锌可湿性粉剂600倍液、72.2%霜霉威（普力克）水剂800倍液。如用3.5%咯菌腈·甲霜灵（满地金）悬浮剂种衣剂拌种，每100公斤种子用药200~400毫升，或喷洒3%恶霉·甲霜灵（广枯灵）水剂800倍液可以兼治几种根腐病。